Sistem pendidikan di PPBU Bulugading adalah kombinasi salaf dan modern dalam arti PPBU mengadopsi sistem pengajian tradisional seperti wetonan, bandongan, sorogan; madrasah diniyah dan lembaga formal yang mengikuti kurikulum Kemenag (MI, MTS dan MA) dan Kemdikbud (SMK).
Sistem pendidikan yang sekarang sedang marak di kembangkan yaitu sistem pendidikan dengan Kurikulum Berbasis Kompetensi, memang keberadaannya sementara ini dianggap sangat menjajikan untuk memacu kualitas peserta didik, akan tetapi kalau melihat dari agenda sejarah yang telah bertahun tahun terbukti dapat menghasilkan para santri senior dalam bidangnya, maka kita akan mendapatkan satu titik temu dimana sistem KBK yang dikembangkan saat ini adalah sistem yang sedikit banyak telah mengadopsi dari sistem Salafi.
Sebagai bahan kajian mari kita buka lembaran sejarah dari sistem Pendidikan Pondok Pesantren Bustanul Ulum Buluading.
Mulanya Pondok Pesantren Bustanul Ulum Bulugading menerapkan sistem pendidikan dengan pola-pola seperti mengaji Al Qur’an dengan sistem sorogan dan hafalan, juga mengaji kitab kuning dengan sistem bandongan, sorogan serta muhafadloh. Semua sistem diatas adalah model yang tetap dilestarikan hingga saat ini mengingat pola-pola tersebut masih sangat relevan dan dibutuhkan untuk tetap menjaga mutu dan kualitas santri Pondok Pesantren Bustanul Ulum, dan dengan demikian pula Pondok Pesantren dapat menjaga serta melestrikan diantara beberapa nilai-nilai akar budaya bangsa yang berbasis pada miliu Pondok Pesantren dengan ciri khas salafiyah dan tidak menutup pola-pala baru yang lebih baik.
Pola-pola salafiyah pada awalnya sangat jitu dan mendapatkan legitimasi di lingkungan masyarakat, sehingga untuk menciptakan santri yang berorientasi Pembekalan sangatlah efektif pada zamannya, namun untuk menciptakan santri yang beorientasi pada santri yang berupa Ulama’ Produktif, maka pola-pola tersebut haruslah mengalami penyempurnaan.